Set header alert box

bagaimana cara mengubah default header dari alert box yang dimiliki oleh javascript. ini code yang saya pakai

 <?php
      if ($this->session->flashdata('message')=="Nama CI Telah Pernah Digunakan"){?>
		     <script language="JavaScript">alert('<?php echo $this->session->flashdata('message');?>');</script>
      <?php  }
      if ($this->session->flashdata('message2')=="Terdapat Kesalahan Karakter Khusus pada NamaCI") {?>
         <script language="JavaScript">alert('<?php echo $this->session->flashdata('message2');?>');</script>
      <?php }?>